Tres años antes de morir fue acometido de una grave enfermedad; entonces se redujo su ministerio a trabajar en la dirección de las obras que tenía emprendidas.
El 28 de junio de 1904, apenas había acabado de celebrar la santa Misa sintió un intenso dolor, que por los síntomas, era producido por cálculos o piedras en la vejiga. Tales dolores había padecido en épocas anteriores. Los recursos de la medicina no dieron buen resultado. Pasó todo ese día sin alivio alguno. Por la noche le fue administrado el Sagrado Viático y la Extremaunción por el Señor Deán, D. José María Velázquez, acompañado de varios sacerdotes, especialmente de los RR. PP. de la Compañía de Jesús.
Poco antes de perder el habla, y expresándose ya con gran dificultad, les dijo a las Hijas de María que rodeaban su lecho de muerte: «Sed santas, sed santas».
Luego dirigiendo su mirada a la Superiora de las Religiosas Mínimas, por él fundadas, le dio a ella, y en ella a todas sus Hijas, parecido mensaje: «Madrecita Rosa, me voy a morir; pero en el cielo rogaré por todas; les dejo con usted a todas mis hijitas, mi bendición: Dios me las bendiga: Háganse santas, háganse santas». Después de media noche entró en agonía, falleciendo a las cuatro de la madrugada del 29 de junio de 1904.
Su muerte fue tranquila y sosegada; una luz que se apagaba lentamente en este mundo para brillar como lumbrera en la eternidad. Contaba 74 años de edad y 47 de sacerdocio.